Infeksi virus adalah penyebab yang paling sering terjadi pada meningitis, diikuti oleh infeksi bakteri, dan yang jarang terjadi adalah infeksi jamur. Karena infeksi bakteri dapat mengancam jiwa, maka mengidentifikasi penyebab meningitis secepat mungkin sangat penting dilakukan.
Infeksi virus biasanya ringan dan dapat sembuh dengan sendirinya. Virus yang kerap mengakibatkan meningitis ialah enterovirus nonpolio, virus gondok (mumps), virus herpes, termasuk virus Epstein-Barr, herpes virus simpleks, dan virus varicella-zoster, virus campak, virus influenza, arbovirus (menyebar melalui nyamuk dan serangga lainnya), serta virus limfositik choriomeningitis.
Pada infeksi yang disebabkan oleh bakteri, bakteri akan masuk ke dalam aliran darah dan menuju otak serta sumsum tulang belakang. Tetapi, terkadang bakteri juga dapat langsung menyerang selaput yang menyelubungi otak dan sumsum tulang belakang. Umumnya, ini terjadi ketika seseorang mengalami infeksi telinga atau sinus, keretakan pada tengkorak, atau pasca-operasi (jarang terjadi). Bakteri yang dapat mengakibat meningitis akut antara lain Streptococcus pneumoniae (pneumococcus), Neisseria meningitidis (meningococcus), Haemophilus influenzae (haemophilus), dan Listeria monocytogenes (listeria). Sedangkan infeksi jamur jarang terjadi, namun menyebabkan meningitis kronis. Gejalanya mirip dengan meningitis bakteri akut. Infeksi ini tidak menular.