Sebagian besar infeksi saluran kemih disebabkan oleh infeksi E. Coli dari saluran pencernaan, khususnya usus besar yang masuk ke uretra. Hal ini bisa terjadi karena kurangnya menjaga kebersihan setelah buang air kecil maupun besar.
Pada wanita, jarak antara anus dan uretra lebih dekat, sehingga menyebabkan potensi infeksi yang lebih tinggi daripada pria. Urine yang tertampung lama juga berpotensi menyebabkan infeksi, karena bisa menjadi tempat bakteri berkembang biak. Untuk itu, segeralah buang air kecil bila diinginkan.
Beberapa kelompok pasien juga rentan terkena infeksi saluran kemih, seperti pasien dengan gangguan batu ginjal, menggunakan kateter atau alat bantu kencing, wanita dengan alat kontrasepsi diafragma, wanita hamil, penderita diabetes, dan pasien dengan sistem imun yang lemah.